Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi (PPID) adalah pejabat yang bertanggung jawab dalam hal penyimpanan, pendokumentasian, penyediaan, dan pelayanan informasi di badan publik (UU Nomor 14 Tahun 2008 BAB I Ketentuan Umum pasal 1 angka 9). Di Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon, PPID diangkat melalui Surat Keputusan Rektor, dengan tujuan untuk melaksanakan visi, misi, serta tugas dan fungsi yang mendukung tercapainya tata kelola perguruan tinggi yang baik (good university governance). Wakil Rektor Bidang Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan ditunjuk sebagai PPID Utama, dengan melibatkan Wakil I (Kepala Biro Administrasi Akademik, Kemahasiswaan, dan Kerjasama), Wakil II (Kepala Biro Administrasi Umum, Perencanaan, dan Keuangan), PPID Pelaksana (Kepala Bagian Kerjasama, Kelembagaan, dan Humas), serta Wakil PPID Pelaksana (Kepala Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data). Selain itu, dalam struktur PPID terdapat tiga divisi, yaitu Divisi Layanan Informasi, Divisi Pengaduan dan Sengketa, dan Divisi Penyedia dan Pengolahan Data. Rektor berfungsi sebagai atasan PPID.